بیش از یک دهه از تولید و نمایش سه‌گانه‌ی ماتریس می‌گذرد اما هم‌چنان این فیلم‌ها پا به گفت‌وگوهای مختلف و ارائه‌ی مقاله‌های پُرشمار می‌دهند. این بحث‌ها تنها به قلمرو سینما محدود نشده‌اند و می‌شود در سایر حوزه‌های علوم انسانی هم رد پایی از آن‌ها دید؛ از بحث درباره نسبت فرد با جامعه در نمونه‌ی جامعه‌ی هدفی به عنوان ماتریس در نگاه جامعه‌شناسانه، بررسی ذهن، حافظه و ضمیر ناخودآگاه شخصیت‌ها در نگاه روان‌شناسانه تا بحث نسبت انسان با جهان پیرامون و در نگاه کلانِ هستی‌محور با رویکرد فلسفی و توجه به آموزه‌های مسیحیت و بازتاب اندیشه‌ی مکتب‌های شرقی چون تائوییسم، بودیسم، هندوییسم، ذن و حتی عرفان و تصوّف با محوریت شناخت از خویشتن، جملگی در فیلم واچاوسکی‌ها قابل‌ردگیری‌اند.
ویژگی مهم ماتریس در بیان سینمایی آن است جایی که فُرم در هماهنگی کامل با جان‌مایه‌ی اثر شکل می‌گیرد. برای نمونه طراحی و استفاده‌ی به‌جا از جلوه‌های ویژه‌ی مشهور «زمان گلوله» در حرکات اکشن ترینیتی و نیو که در لحظه زمان متوقف می‌شود، مفهوم اختیار انسان در پیشنهاد مورفیوس به نیو برای خوردن قرص قرمز یا آبی و به تصویر کشیدن برهوت واقعیت در مقابل چشمان نیو توسط مورفیوس و یادآوری این نکته‌ی چالش‌برانگیز که انسان هر آن‌چه می‌بیند واقعی است؟ به همه‌ی این نکته‌ها به شکل اندازه‌ای در فیلم پرداخته شده است. البته این نکته‌ها گیرا و تماشایی‌اند چون شخصیت‌پردازی درست انجام شده است و سازندگان ماتریس با نگاه خلاقانه این شخصیت‌ها را به تصویر درآورده‌اند. برای هر کدام از شخصیت‌های فیلم وظیفه و مأموریتی طراحی شده تا حس هم‌دلی تماشاگر را برانگیزند. نیو به عنوان شخصیت اول داستان در مقام منجی مقرر است که نسل انسان را از دنیای هیولاگونه‌ی ماتریس نجات دهد، مورفیوس در مقام آموزگار و مراد نیو و هادی اعضای گروه، ترینیتی در حکم یاور و پیش‌مرگ و دلدار نیو، اوراکل پیرزنی دوست‌داشتنی و پیشگو و بازرس اسمیت به عنوان رهبر نگهبانان ماتریس، از جمله‌ی این شخصیت‌ها هستند؛ اما در این بین شخصیتی وجود دارد که در تضاد با سایرین است. دغدغه‌ها و افکار به‌اصطلاح ملموس و زمینی دارد، نه منجی است و نه محافظ. اتفاقاً به دلیل افکار و ظاهرش مانع هم‌دلی با تماشاگر می‌شود اما حرف‌های بسیار مهمی می‌زند. هر جا نجات‌دهنده‌ای در داستان باشد در مقابلش باید خیانتکاری نیز حضور پیدا کند تا عنصر پیش‌برنده‌ی درام شود. در ماتریس شخصیت سایفر عهده‌دار این وظیفه است.
در جهان ماتریس نام هر شخصیتی دارای نشانه و بار معنایی است و اسم سایفر هم در هماهنگی با عملکردش معنا پیدا می‌کند. ریشه‌ی نام سایفر از همان کلمه‌ی صفر گرفته شده که در زبان فرانسوی میانه و لاتین قرون وسطی با کمی تغییر به همین شکل ادا می‌شود. در عمل رمزنگاری، سایفر الگوریتمی برای قفل‌گذاری یا قفل‌شکنی به عنوان یک سری مراحل تعریف‌شده به کار می‌رود. سایفر از آن جهت مورد استفاده قرار می‌گیرد که زمان کم‌تری صرف رمزنگاری شود. شیوه‌ی رمزنگاری به روش سایفر به این شکل است که اطلاعات آشکار متنی را به رمز یا کُد تبدیل کرده و در عین کُدگذاری، مفهوم مجزا در رمزنگاری را پیدا می‌کند. این نکته به‌وضوح در سکانس گفت‌وگوی نیو با سایفر در سفینه‌ی مقر مأموریت‌شان آمده است؛ جایی که نیو در مقابل صفحه‌ی نمایشگر قرار می‌گیرد و به اعداد و علایم سبزرنگ که هم‌چون قطره‌های باران در حال ریزش‌اند اشاره می‌کند و سایفر تأکید می‌کند که این ماتریس است و در ادامه نیو می‌پرسد: «همیشه همین جوری رمزگشایی نشده به‌شان نگاه می‌کنی؟» و سایفر پاسخ می‌دهد: «آره، مجبوریم. از مترجم‌های تصویری‌مان تو سازواره استفاده می‌کنیم ولی برای رمزگشایی ماتریس راه دیگه‌ای هم هست. مغزت کم‌کم به‌ش عادت می‌کنه. من دیگه حتی نگاه‌شان هم نمی‌کنم. من این‌جا فقط یا زن مو بور می‌بینم یا زن سبزه یا زن مو شرابی!»
سایفر که به‌ظاهر از اعضای گروه مورفیوس است و در مأموریت‌های گوناگون علیه سیستم ماتریس شرکت می‌کند، در سیر داستان ماهیت خیانتکارش را خیلی زود افشا می‌کند و موجب گرفتاری اعضای گروه می‌شود. در سکانس درخشان ملاقات سایفر (با بازی چشم‌گیر جو پانتولیانو) با بازرس اسمیت، مخاطب با افکار و دغدغه‌های سایفر بیش از پیش آشنا می‌شود. او که در رستوران کارد و چنگال به دست در حال بریدن تکّه‌ای از یک استیک اشتهاآور است، تکّه گوشتی را با چنگال بالا می‌آورد و نگاهی به آن می‌اندازد و می‌گوید: «می‌دونم که این استیک وجود نداره. می‌دونم که وقتی می‌ذارمش تو دهنم، ماتریس به مغزم میگه که این یه استیک آبدار و خوش‌مزه است! بعد از نُه سال، می‌دونی چی فهمیدم؟ سعادت در جهالت است!» و بعد از این‌که به اسمیت تأکید می‌کند که اهل معامله است به آرزوهایش (پولدار شدن و مثل هنرپیشه‌ها آدم مهم بودن) اشاره می‌کند. واچاوسکی‌ها خیلی هوشمندانه در قالب کلمه‌های ساده و به‌ظاهر دم‌دستی، آرزوها و امیال انسان غرق در مصرف‌گرایی و تکنیک‌زده را روایت می‌کنند و جهان تاریک و بسته‌ای را که در آن نظام فکری و اخلاقی کم‌رنگ و به سمت بی‌سویی در حرکت است در مقابل بیننده ترسیم می‌کنند. انسانی که با پیشرفت سرسام‌آور علوم از مرز دانایی و آگاهی عبور کرده و هجوم بی‌رحمانه‌ای به خود و دنیای پیرامونش آورده و همه چیز را تخریب می‌کند. برای مثال انسان امروز از مضرات و آسیب‌های انواع و اقسام مواد مخدّر و الکل آگاه است ولی برای لحظه‌ای که می‌خواهد از فشار دنیای خودساخته‌ی تکنولوژی و جهان خوفناک تنهایی‌اش رهایی پیدا کند روی به این مواد می‌آورد که عاقبتی جز نابودی خویش و دیگران ندارد. به این می‌گویند انتخابی آگاهانه و تروتمیز در جهت نابودی یا به معنی دیگر یک انتخاب سایفری! سرگردان در میان واقعیت و غیرواقعیت.
در این‌جا این پرسش مهم مطرح می‌شود که انسان با همین حواس ظاهری و به‌کارگیری دانش تجربی می‌تواند به درکی از واقعیت یا حقیقت جهان خود دست پیدا کند یا نیازمند ابزار دیگری است؟ البته سایفر در میان انبوه قهرمانان فیلم، ضدقهرمانی است که دست‌کم تکلیفش با خودش روشن است. خوردن استیک آبدار مجازی در قیاس با غذای بدشکل و آبکی دنیای خارج از ماتریس برایش دلچسب‌تر است. می‌داند چه می‌خواهد و تا انتها برای رسیدن به هدفش دست به هر کاری می‌زند. نه نیاز به پیشگویی چون اوراکل دارد و نه دست به دامن طراح دنیای ماتریس شده تا از عاقبت خویش آگاه شود. خود دست به کار می‌شود، حتی در این راه خیانت می‌کند و موجب قطع اتصال نخاع حیاتی یارانش از دستگاه می‌شود. با سلاحی مخوف و هولناک به جان‌شان می‌افتد و سرانجام با همان سلاح هلاک می‌شود اما اثر حرف‌هایش بر تماشاگر ماتریس باقی می‌ماند.
